多重引导系统不足之处是增加了系统维护的工作量。虽然许多学校使用硬盘还原卡对硬盘数据进行保护。但还不能做到100%的有效保护。因此，有时仍然不得不对整个系统进行重装。
为减小系统重装的复杂程度，节省安装时间，我们在使用之前对整个硬盘（包括所有分区）进行备份，为其制作一个映像文件，放在另一硬盘或光盘上;当系统出现故障时，再用这个映像文件进行恢复。这种方法对多重引导硬盘这样的复杂系统尤其适用。
1、系统的备份
现在以Drive Image (下称PQDI)工具为例，说明为Windows98/2000多重引导硬盘创建映像文件和进行系统还原的主要过程。其他类型的多重引导系统可参照此方法。
首先为机器安装第二只硬盘（设置为从盘），用于存放系统硬盘的映像文件，这是因为无法将硬盘或分区映像文件写入源盘或源分区。
启动系统，进入DOS环境，运行PQDI（以3.0版为例,其他版本类似）。如果从Windows95/98进入MS-DOS方式，需将MS-DOS方式的属性设置为“禁止MS-DOS程序检测Windows”。
选择“Create Image”按钮，进入分区选择界面。这里要选择整个硬盘的所有分区进行备份，包括Windows98所在的FAT32分区和Windows2000所在的NTFS分区。然后进入下一个窗口。
输入映像文件存放的路径和名称，扩展名为“.PQI”，如“D:SYSTEM.PQI”。此文件保存在第二硬盘上。
选择映像文件的压缩方式。有三种方式备选:不压缩（No）、低压缩(Low)、高压缩(High)。PQDI最高能提供50%的平均压缩率，如果将映像文件保存至网络磁盘或外置移动磁盘上，选择高压缩率可大大提高创建映像文件的速度。
上述参数输入无误，确认后PQDI即开始创建硬盘映像文件。屏幕显示创建文件的进度等信息，全部过程仅需几分钟即可完成。
注意:对创建的硬盘映像文件应妥善保存，最好刻录到一张光盘上，这样保存的时间可以更长。如果再将光盘制成自启动格式，以后对系统恢复会更方便。
2、系统的恢复
如果系统出现故障，不得不进行系统重装时，可先用软盘或光盘启动系统，进入DOS环境，运行PQDI。
在PQDI主界面中选择“Restore Image”按钮，然后选择或输入待还原的硬盘映像文件（包含路径名），如“D:SYSTEM.PQI”。
从映像文件中选择要恢复的分区。可根据需要选择部分或全部分区进行恢复。
选择目标硬盘分区用于恢复映像文件。在这里可以选择“Resize Source Partition(s)...”
改变映像文件中分区的大小以适应目标分区。如要恢复整个硬盘，可选择“Delete Disk Partition(s)...”，先删除目标硬盘上的所有分区，PQDI会将映像文件中的分区信息恢复到目标硬盘上。
确认以上交互信息后，系统进入恢复阶段。屏幕显示映像文件的还原进度等信息，如恢复无误，完成后将提示重新启动机器。至此，多重引导系统恢复成功。
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